Аггер начал свою карьеру на родине в Дании. Он дебютировал в "Брондбю" в июле 2004 года после того, как в возрасте 12 лет перешел из Rosenhøj BK. В январе 2006 года победитель Лиги чемпионов "Ливерпуль" заплатил "Брондбю" £ 5.8m за контракт Аггера. Среди его поклонников был тренер датской национальной сборной. Даниэль был вызван в сборную и дебютировал в победном матче против Финляндии (1-0).
Первый год в Ливерпуле игроку не давали заявить о себе травмы, из-за которых он смог сыграть только в 4-х матчах. Он провел 10 матчей за датского сборную U-21, забил 3 мяча, которые привели его к вызову на европейский чемпионат U-21 в 2006 году.
Следующий сезон для Даниэля был более успешным. Он забил свой первый гол за "Ливерпуль" в игре против "Вест Хэма" на Энфилде 26-го августа 2006 года.
После первого полуфинала Лиги чемпионов в 2007 году, Аггера сильно критиковали в прессе за неудачную игру против форварда "Челси" Дидье Дрогба. Однако, игрок получил место всоставе на 2-й матч, и оправдал доверие тренера, забив гол после умного паса от капитана Стивена Джеррарда.