Дэнни Хиггинботам перешел в Дерби Каунти из Манчестер Юнайтед перед началом сезона 2000/01, после того как не смог закрепится в команде Алекса Фергюсона. Он всего лишь дважды выходил в стартовом составе, будучи в тени таких исполнителей как Денис Ирвин и Фил Невилл.
Его способности позволили ему добится регулярного места в основе Дерби. Дэнни сыграл 33 матча за Дерби в сезоне 2000/2001, а ужев сезоне 2001/2002 он был награжден званием игрок года Дерби.
Вскоре Хиггинботтом переехал в Саутгемптон где провел три сезона, после чего перешел в Сток Сити в 2006 году и стал капитаном клуба в середине первого сезона.
В августе 2007 года Дэнни Хиггинботам перешел в Сандерленд, и его первый сезон на Стэдиум оф Лайт был довольно успешным, но в сентябре 2008 года он принял решение вернутся в Сток Сити.