Фил Джонс, который может сыграть как в центре обороны, так и в качестве правого защитника, является воспитанником Блэкберна.
В начале сезона 2009-2010 сезона Джонс начал выступать за первую команду в предсезонных матчах, к примеру, играл в товарищеском матче против Данди Юнайтед.
Его полноценный дебют состоялся в сентябре 2009 года, когда он вышел на поле вместе с опытными мастерами Райаном Нелсеном и Митчелом Сальгадо и помог команде одержать победу над "Ноттингем Форест" в Кубке Лиги (1-0). Его выступление в этом матче произвело впечатление на главного тренера команды Сэма Эллардайса, который похвалил Фила в послематчевом интервью.
Летом 2011 года Фил Джонс стал игроком Манчестер Юнайтед.