Манчестер Сити подписал Нильсена в качестве свободного агента в феврале 2009, чтобы усилить конкуренцию на вратарской позиции в команде.
Его первым клубом в Англии стал Блэкберн Роверс, однако он не сыграл ни одного матча в первой команде клуба.
Будучи вратарем сборной Фарерских островов U-21, он перешел в состав Роверс из датского клуба Фрем Копенгаген, после чего был отдан в оренду в Мотеруэлл.
Пока что Гуннар Нильсен далек от основного состава команды Ман Сити, конкурируя с такими вратарями, как Шей Гивен и Джо Харт.