Португальский футболист, играющий на позиции центрального защитника. Мануэль родился во Франции. Его отец по национальности португалец, а мать - марокканка. Да Кошта является выпускником школы французского клуба Нанси. Он дебютировал в чемпионате Франции 15 апреля 2006 года в матче против Марселя, в котором его команда уступила со счетом 0:6. На протяжении всего сезона, сыграл в 10 матчах и завоевал Кубок французской лиги. В полуфинале он забил победный гол в матче с Ле-Маном и вывел свою команду в финал.
Летом 2006 года многие европейские клубы были заинтересованы в приобретении португальца, в том числе Пари Сен-Жермен, Манчестер Юнайтед и Бордо, но Мануэль принял предложение голландского ПСВ, с которым подписал 5-летний контракт. В дебютном матче в голландской лиге он помог своей новой команде одержать победу со счетом 3-1 в выездной игре против АЗ Алкмаар. В ПСВ он играл в Лиге чемпионов и в конце сезона получил титул чемпиона Нидерландов.
Летом 2007 года, да Коста мог перейти в Челси и присоединиться к своим соотечественникам, защитникам Рикарду Карвалью и Пауло Феррейре и тренеру Жозе Моуринью. Однако трансфер не состоялся, и португальский защитник оставался в ПСВ в следующем сезоне.
29 января 2008 года да Коста переехал в Фиорентину. Он также играл в Сампдории на правах аренды.
Мануэль да Кошта подписал контракт с Вест Хэмом в августе 2009 года. Защитнику так и не удалось удержать место в основе Вест Хэма. В июне 2011 года он стал игроком московского Локомотива.