Роке Санта Крус сделал себе имя быстро. Он начал свою карьеру в клубе Олимпия (Асунсьон), к которому присоединился в возрасте 9 лет и на протяжении нескольких лет был лучшим бомбардиром молодежного состава клуба. В возрасте от 15 лет ему позвонил главный тренер Луис Кубилья и был переведен в первую команду, в которой дебютировал год спустя.
В 1998 и 1999 сезоны стали успешными для Санта Круса - он дважды становился чемпионом Парагвая в составе Олимпии и был выбран игрока года в Парагвае. Как и ожидалось, из-за рубежа последовали заманчивые предложения, и вскоре мюнхенская Бавария подписала с ним контракт. Но, несмотря на свой талант и любовь со стороны болельщиков, он так и не сумел полностью раскрыть свой потенциал в Мюнхене.
Травмы и плохие отношения с тренерами стали причиной отсутствия регулярного места в основном составе команды. В Баварии он сыграл 146 игр и забил 31 гол, после чего стал игроком клуба Блэкберн Роверс, который подписал с ним контракт в 2007 году. Он был ключевым игроком на Ивуд Парк: в 54 играх он забил 23 мяча. Наконец, после долгих переговоров, летом 2009 года Роке Санта Крус был куплен клубом Манчестер Сити.