В сезоне 2001/2002 Жан Макун отправился из Камеруна во Францию, где пописал контракт с клубом Лилль. Там он первоначально выступал в резервном оставе. Со временем он ворвался в первую команду Лилля. В Лиге 1 дебютировал 2 ноября 2002 года в матче с клубом Бастия. Камерунского вышли на поле в 63-й минуте встречи. Свой первый гол в высшей дивизионе Франции он забил в первом туре сезона 2003/2004.
В сезоне 2004/2005 Лилль добился реального успеха, заняв второе место в лиге, что поспособствовало выходу в Лигу чемпионов. В групповом этапе Макун и компания заняли третье место. В Кубке УЕФА французская команда проиграла Севильи и выбыла после двух матчей. В сезоне 2005/2006 Лилль занял третью позицию в лиге, что дало им возможность начать следующий сезон с квалификации Лиги чемпионов. Макун забил свой первый гол в Лиге чемпионов на 90-й минуте матча с клубом АЕК. Лилль вышел из группы, но в следующем этапе был вынужден признать превосходство Манчестер Юнайтед.
Летом 2008 года Макун отправился в Лион. В футболке чемпиона Франции он дебютировал 10 августа 2008 года в победном матче с Тулузой.
В январе 2011 года Жан Макун стал игроком футбольного клуба Астон Вилла.